Um auf das ursprungs erwähnte Problem zu antworten:
Dateien können vom Apachen automatisch vor, bzw. nach den eigentlichen Dateien hinzugefügt werden. Entweder per ini-Parameter oder per .htaccess.
Siehe auch z.B. hier:
http://www.devpapers.com/article/302
Allerdings sollte man sich bewußt sein, dass man so seine Skripte natürlich inkompatibel zu anderen Servern macht wenn man davon ausgeht, dass bestimmte Dateien stets vorhandenudn geladen sind. Sauberer ist die Inkludierung im eigentlichen Skript allemal.