Wenn es sich beide Male um die gleiche MySQL-Version handelt (auch Betriebssystem Linux/Windows gleich), sollte es keine Probleme geben, wenn du wirklich alles, also auch die Benutzertabellen etc... übernimmst.
Wenn du die Daten von der 4er in die 5er-Version reinschiebst, müsstest du, bevor du den MySQL-Server wieder startest die Daten mit den MySQL-Eigenen Tools konvertieren lassen (mysql_convert_table_format glaube ich).


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) auf einen anderen Server, selbe MYSQL Version übertragen.
zerstreuen kann. 
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