Wenn eine der betroffenen Dateien nur durch dich als Besitzer beschreibbar ist, wäre die wahrscheinlichste Ursache ein geknackter FTP-Account.
Eine weitere mögliche Ursache wäre ein kompromittierter Server - also dass die Dateien mit einem root-Account bearbeitet wurden. In beiden Fällen solltest du mal deinen Hoster kontaktieren oder - falls du selber Administrator des Servers bist - selbst die FTP-Logfiles durchgucken. Der Hoster kann über das FTP-Log herausfinden, ob dieser von einem anderen als den gewöhnlichen IP-Ranges benutzt wurde.
Erste Amtshandlung sollte aber sein, dass du dein FTP-Kennwort gegen was absolut kryptisches mit > 14 Zeichen Länge tauschst. Und wenn du es dir ständig aus irgendeiner Textdatei holen musst - das knackt keiner.
Falls sich herausstellt, dass dein Zugang geknackt wurde, solltest du dich fragen, warum das passiert ist. War das Passwort zu einfach? Mir läuft es immer kalt den Rücken runter, wenn ich sehe, dass manche Leute "kreis" oder "tata" als Passwort benutzen. Mindestens zwei Ziffern und gemischte Groß- und Kleinschreibung gelten sogar bei kurzen Passwörtern als relativ sicher, da die meisten Angriffe Wörterbuchattacken sind und dort meist keine Zahlen drin vorkommen.
Falls das Kennwort recht sicher war, hat vielleicht jemand das Passwort übers Netzwerk abgehorcht. Seitdem es an vielen Stellen offene WLANs für den kostenlosen oder auch kostenpflichtigen Internetzugang gibt, setzen sich manche Menschen nämlich gerne auch dahin, schneiden den gesamten Netzwerkverkehr mit und können die Zugangsdaten zu E-Mail-Postfächern, FTP-Servern, Foren etc... mitlesen, sofern diese nicht über eine SSL-Verbindung übertragen werden.
Eventuell hast du auch irgendwo eine PHP-Shell in deinem Webspace rumfliegen.
Lade doch mal einfach alle Dateien herunter, die dort liegen. Bei den c99-Shells fangen nämlich praktisch alle Virenscanner an zu kreischen
Btw Virenscanner: Natürlich kann auch einfach dein eigenes System kompromittiert sein und dadurch gespeicherte FTP-Kennwörter aus Programmen oder dem Netzwerktraffic mitgeschnitten worden sein. Auf jeden Fall solltest du mit einer aktuellen Virenscanner-Signatur mal über die Platten gucken lassen.

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Ich habe mich darauf eingestellt, alle Scripte durchsuchen zu müssen...
). Gerade auch alles komplett runtergeladen - AV hat nicht angeschlagen (Avira). Ich werde mal sehen, ob mir der Hoster was zu den FTP-Logs sagen kann, dann werde ich an den TotalCmdr Support ne Anfrage schicken. Kompletter SystemScan steht heute gegen 16 Uhr an... Bin gespannt was rauskommt 

