Was Du da vor hast ist nicht so leicht. Eigentlich müsstest Du schon einen Service nutzen, wie den von Jedox.
Das Problem ist wie gesagt, das die Datei für Mehrfachnutzung offenliegt, somit kein Transaktionsmanagement vorliegt und damit kein Data-Locking erfolgt. Ergo schreit es nach Problemen.
Mein Tipp wäre:
Steig auf eine DB um, also PHP+MySQL
Weiter Lösung, aber auch nicht sehr gut:
Arbeite mit CSV Dateien, die kannst Du ja auf Deiner Workstation ganz einfach in Excel erstellen (Expotieren).
Diese liest Du dann mit PHP ein (bsp. in ein Array) und gibst die Daten einfach in einem Formular aus. Danach wieder alle daten in ein Array packen und die CSV neu schreiben.
Aber auch da kommen halt wieder die Fakten von oben
Wenn es nur um das Schreiben von Excel Tabellen mal gehen sollte, da gibt es eine Lösung via PEAR.
Schau Dir die beiden Links mal an
Excel Export mit PEAR::Spreadsheet_Excel_Writer
Package Information Spreadsheet_Excel_Writer