Ich verstehe die Frage nicht ganz.

Das was in der navi.php steht wird beim Includen als ganz normaler Code eingefügt. Wenn in deiner index.php CSS-Formatierungen stehen, werden diese natürlich für die includete navi.php übernommen.
Wichtig dabei ist, dass deine Hauptdateien auch die Endung php haben, damit die include-Befehle funktionieren. Natürlich solltest du vorher überprüfen, ob dein Server php unterstützt.