Hi,
ich würde dir auch raten, die Dateien direkt mit DW hochzuladen.
Das Nutzen des Site-Managers in DW hat viele Vorteile gegenüber einem externen FTP-Client, z. B. müssen nicht jedesmal alle Dateien hochgeladen werden, weil DW bei "Site synchronisieren" die geänderten Files erkennt und nur einen Abgleich mit den aktuelleren Daten vornimmt. Außerdem können einzelne Files schnell mit einem Klick, oder auch automatisch bei jedem Speichern, auf den Server hochgeladen werden. Ich nutze dem externen FTP-Client nur für Sonderfälle, wie das Einstellen der Datei- und Verzeichnisrechte und dergleichen.
Bei SmartFTP gibst du in der Adresszeile oben deine ftp-URL an, daneben Login und Password, dann klickst du auf den "Connect"-Button. Danach öffnet sich ein Fenster mit deinem Root-Verzeichnis am Webserver. Falls es noch nicht offen ist, kannst du als zweites Fenster einen "Local Browser" öffnen (FTP->Local Browser, oder Ctrl+L). Jetzt kannst du per drag&drop Dateien und Verzeichnisse, die hochgeladen werden sollen, vom Local Browser in das Remotefenster ziehen - das wärs fürs erste

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Gruß,
Jürgen