Ohne mich damit tiefer zu befassen, eine Frage vorweg.
Warum hast du so viele Div Tags verbaut? 16 Divs und es steht kaum mehr als der Header...
Der Fehler wird mit der fehlerhaften Box-Modell Interpretation des IE zusammenhängen (dazu gibt es ca. 1,5 Mio Websits im Netz).
mMn solltest du deine Grundstruktur dringend überarbeiten ... dann klappst auch mit dem IE
