Da kann man nix machen. Das GIF-Format unterstützt nur 100% Transparent oder keine Transparenz.
Du kannst das Ganze simulieren, in dem du dir ein neues Muster erstellst, 4x4px und 2 diagonal gegenüberliegende Punkte mit schwarz füllst, die anderen beiden lässt du transparent.
Dieses Muster wendest du dann auf eine neue Ebene über dem Motiv an, erstellst anschliessend eine Auswahl der Ebene und löscht dann bei markierter Motivebene den halben Inhalt weg.
Die Musterebene kannst du danach wieder löschen.
Wenn dir das zu theoretisch ist, schau mal auf
www.photozauber.de im Tutorialbereich: "Halbtransparenz mit GIFs", da ist das Ganze noch mal bebildert!
Gruß, BSE!